Do końca życia arcybiskup Lefebvre wyrażał pogląd, że jego decyzja o udzieleniu sakry biskupiej czterem spośród kapłanów Bractwa motywowana była troską o zachowanie nieskazitelnego depozytu wiary i dyscypliny katolickiej. Zdaniem arcybiskupa było to jedyne wyjście w sytuacji gdy Jan Paweł II z całą mocą zaangażował się w promowanie nowej orientacji Kościoła. Najbardziej wyraźnym przejawem nowego ducha panującego w Watykanie było zorganizowanie w październiku 1986 r. w Asyżu modlitewnego spotkania w intencji pokoju z udziałem papieża oraz przełożonych i przedstawicieli chrześcijańskich wyznań niekatolickich i religii niechrześcijańskich. Zdaniem tradycjonalistów związanych z Bractwem zorganizowanie takiego spotkania przez Jana Pawła II i zaproszenie wyznawców innych religii do odprawienia ich własnych modlitw w kościołach katolickich stanowi akt synkretyzmu religijnego i uderza w katolicką naukę o jedynej prawdziwej religii, za którą uważa się wyznanie rzymskokatolickie.
Arcybiskup Lefebvre odrzucał zarzuty o popadnięcie w schizmę, a nakreślając obraz kryzysu panującego w Kościele, potęgowanego przez decyzje najwyższych autorytetów, powoływał się na stan wyższej konieczności. Problem ważności ekskomuniki arcybiskupa doczekał się już sporej literatury. Do najważniejszych opracowań tematu należy rozprawa licencjacka z prawa kanonicznego napisana w połowie lat 90-tych przez ks. Geralda Murraya na Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. Ks. Murray wykazał, że nawet subiektywne tylko przekonanie o stanie wyższej konieczności jest wystarczającym argumentem na rzecz tezy, że abp Lefevbre nie popadł w ekskomunikę. Ogłoszenie wyniku tych badań i wykorzystanie wniosków ks. Murraya przez zwolenników arcybiskupa spowodowało ostre reakcje władz kościelnych. W niedługim czasie ks. Murray ogłosił na łamach prasy katolickiej, że sformułowane wnioski należy jednak zrewidować. Odwoławszy swą tezę ks. Murray przestrzegł przed schizmą w którą jego zdaniem popadło Bractwo, ale zwolennicy Bractwa zwrócili uwagę, że uznanie rozprawy przez Uniwersytet Gregoriański dotyczyło tezy wyrażonej w rozprawie licencjackiej, a nie późniejszych odwołań i nie można zatem odrzucić dobrze udokumentowanych wyników studiów kanonistycznych ks. Murraya.
Stanowisko Bractwa wobec przemian w katolicyzmie posoborowym koncentruje się na czterech głównych zagadnieniach. Poważne kontrowersje wzbudzają: (1) reforma liturgiczna Pawła VI, (2) nauczanie o ekumenizmie i praktyka spotkań międzywyznaniowych a nawet międzyreligijnych, (3) elementy kolegializmu pojawiające się coraz częściej wśród biskupów oraz na innych szczeblach hierarchii oraz (4) wolność religijna głoszona przez Kościół i realizowana w praktyce w państwach do niedawna uważanych na mocy konstytucji za katolickie z punktu widzenia prawa.
(1) Reforma liturgiczna przeprowadzona przez papieża Pawła VI doprowadziła do wprowadzenia Novus Ordo Missae, niemal wyłącznego użycia języków narodowych w liturgii i stołów (czy tzw. ludowych ołtarzy) w miejsce ołtarzy, przy których kapłan celebruje Mszę zwrócony w stronę wiernych (versus populo) w całym Kościele Rzymskokatolickim. Msza rzymska, która była wynikiem ciągłego i jednorodnego rozwoju od czasów apostolskich,[13] została skodyfikowana w 1570 r. przez papieża św. Piusa V, a zatwierdzona w bulli Quo primum tempore, zgodnie z normami określonymi na Soborze Trydenckim (1545-1563). Kodyfikacja ta nadała jednolity charakter rytowi rzymskiemu, a zgodnie z zaleceniem wspomnianej bulli, ryt nie mógł odtąd podlegać zmianom o charakterze istotnym. Chociaż, wbrew potocznemu mniemaniu, papież Pius V nie ogłosił nowego rytu, ale skodyfikował i uporządkował tylko ryt istniejący, to jednak Msza zatwierdzona w bulli Quo primum tempore zwana jest zwykle Mszą św. Piusa V lub Mszą trydencką. Niektórzy posługują się także pojęciem rytu klasycznego, ale określenie to jest niechętnie używane przez tradycjonalistów z Bractwa, którzy uważają, że zakłada ono równorzędny charakter nowego rytu wobec rytu starego. Takiego zaś poglądu nie mogą jednak przyjąć, wyrażając opinię o zasadniczej niepoprawności teologicznej Nowej Mszy stworzonej przez komisję ekspertów z elementów dawnych i nowych.
Do czasu pontyfikatu Jana XXIII wszelkie istotne zmiany w modlitwach wchodzących w skład Mszy Rzymskiej (tzw. nigrykach), a zwłaszcza w kanonie Mszy były niedopuszczalne. Jeszcze pod koniec XIX w., pomimo próśb wielu kardynałów i biskupów, papież Leon XIII odmówił dodania do kanonu Mszy imienia św. Józefa. Zmianę tę przeprowadził Jan XXIII w 1962 r. Ogłoszenie Novus Ordo Missae spowodowało silne protesty środowisk konserwatywnych, a część argumentów krytycznych sformułowanych przez tradycjonalistów podejmowanych jest również wśród wysokich rangą hierarchów Kościoła akceptujących samą reformę posoborową. Do tych ostatnich należy również Joseph kard. Ratzinger, który podobnie jak tradycjonaliści zwraca uwagę, że nowy ryt jest nowym tworem grupy liturgistów, a nie wynikiem organicznego rozwoju, tak jak stary ryt[14]. Formułowane są argumenty o istotowej odmienności wielu aspektów nowego rytu w stosunku do Mszy Rzymskiej, a także zarzuty o poważnych błędach teologicznych rytu posoborowego wynikających z wpływów protestanckich. Tradycjonaliści uważają także, że wprowadzenie do liturgii mszalnej języków narodowych, dokonane zresztą wbrew wyraźnej woli Soboru Watykańskiego II [sic!], doprowadziło do szeregu błędów wiążących się z dwuznacznym przekładem pewnych istotnych terminów zawartych we wzorcowym wydaniu łacińskim Novus Ordo na języki narodowe[15]. Kontrowersje wzbudza wprowadzenie stołu w miejsce ołtarza i odwrócenie kapłana w kierunku wiernych, a reforma ta dopuszczona po Soborze tylko jako możliwość, stała się w praktyce normą w świecie katolickim[16]. Innym nader poważnym problemem są coraz liczniejsze nadużycia w przestrzeganiu rubryk Nowej Mszy (czyli norm określających sposób celebracji) rozpowszechnione w całym Kościele[17].